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生物信息数据库大全

来源：Genenode|君诺德公司发布时间：2017-03-28 Hits：6177

常用数据库

数据库	网站	数据库介绍
INSD综合数据库		国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。
EMBL	http://www.ebi.ac.uk/embl.html	欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA序列库。
NCBI	http://www.ncbi.nlm.nih.gov	国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，简称NCBI）是美国国家医学图书馆（NLM）的一部分。
DDBJ	http://www.ddbj.nig.ac.jp	日本核酸数据库。
GSDB	http://www.ncgr.org/gsdb	GSDB是由美国国家基因组资源中心(NCGR)维护的DNA序列关系数据库(Genome Sequence DataBase)。
TIGR DATAbase	http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html	世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引(HGI)
DNA序列数据库		包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。
BioSino	http://www.biosino.org/	BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。
CUTG	http://www.kazusa.or.jp/codon/	MM子使用频度表。
EPD	http://www.epd.isb-sib.ch/	真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）
TRANSFAC	http://transfac.gbf.de/TRANSFAC	真核生物基因表达调控因子的数据库。
TRRD	http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/	真核生物基因组转录调控区数据库。
OOTFD	http://www.ifti.org/	转录因子和基因表达数据库。
RepBase	http://www.girinst.org/~server/repbase.html	真核生物DNA中重复序列数据库。
MicroSatellite	http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html	微卫星重复序列数据库。
ALU数据库	http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/)	ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段。
Simple Repeats	http://ncbi.nlm.nih.gov	简单重复序列库。
COMPEL	ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)	复合元件数据库。
MPDB	http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html	分子探针数据库。
HvrBase	http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/	HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列。
PlantCARE	http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/	PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库。
PLACE	http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/	PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库,只涉及维管植物。
Mendel数据库	http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/	Mendel数据库,搜集植物STS和EST序列。
HOX Pro	http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html	HOX Pro同源异型盒(homeobox)基因数据库。
OPD	http://www.cme.msu.edu/OPD/	寡核苷酸探针数据库(Oligonucleotide Probe Database)
dbSTS	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/	序列标记位点(Sequence Tagged Sites)数据库。
dbEST	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/	dbEST.这是GenBank的重要组成部分,它包含若干物种的已表达的序列标记信息.
AmmtDB	http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB	AmmtDB,后生动物线粒体DNA多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和tRNA的多DNA序列对比数据,以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据.
HOVERGEN	http://acnuc.univ-lyon1.fr/	脊椎动物同源基因数据库(HOmologous VERtebrate GENes)
DNA结构参数库	ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)
NUCLEOSOME	ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/	NUCLEOSOME数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测DNA中与组蛋白八聚体结合的位点.
SELEX_DB	http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/	SELEX_DB,随机化序列库.
ASDB	http://hattrick.lbl.gov:8888/	交替剪接基因的数据库
Intronerator	http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/	秀丽线虫内含子和交替剪接数据库

摘自小木虫 http://muchong.com/html/200603/196703.html

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