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Oligo DNA 的分子量和摩尔数的计算方法

来源：Genenode|君诺德公司发布时间：2017-10-15 Hits：7629

一、Oligo DNA 的分子量和摩尔数的计算方法
1、一般Oligo DNA 的分子量和摩尔数的计算方法
分子量计算公式如下：
MW=(A碱基数×312)+(C碱基数×288)+(G碱基数×328)+(T碱基数×303)-61
OligoDNA的分子量也可以用以下近似方法计算: OligoDNA中的每个脱氧核苷酸碱基的平均分子量近似为324.5,则一条OligoDNA的分子量=碱基数×324.5。
例：您得到一管标为5　OD260nm的20mer OligoDNA
分子量=20×324.5=6490
质量数=5×33=165ug
摩尔数=165/6490=0.025umol=25nmmol
若加双蒸消毒水或TE buffer400ul溶解,则浓度为25nmol/400ul=62.5uM

这里的 OD 值是指 DNA 制品溶解在1ml无菌水中的260nm 的吸光度值。

2、含修饰的Oligo DNA的分子量和摩尔数是如何确定的？
Oligo DNA非修饰的引物的Molecular Weight在随引物提供的报告单上都有明确的标示。如果需要估计一个引物的分子量按每个碱基的平均分子量为324.5，引物的分子量=碱基数× 碱基的平均分子量。或按下列公式计算
MW= (NA ×WA) + (NC ×WC) + (NG × WG) + (NT × WT) +(Nmod ×Wmod) ＋（Nx×Wx）+( Ni× Wi) +16×Ns– 62.
NA, NG, NC, NT, Ni分别为引物中碱基A或G或C或T或I的数量，WA, WC, WG, W, Wi分别为引物中碱基A或G或C或T或I的分子量，Nmod，Wmod 分别为修饰基团的数目和分子量。

对于混合碱基的分子量为混合碱基的分子量总合除以混合数，例如G+A混合的分子量为（313.21+329.21）/2 = 321.21。Ns为硫代数目，硫代每个位置增加分子量16。

3、常规碱基及常规修饰基团分子量

Base	Molecular Weight	Base	Molecular Weight	Base	Molecular Weight
A	313.21	5ˊ -Biotin	405.45	3ˊ-TAMARA	623.60
C	289.18	5ˊ-(6 FAM)	537.46	3ˊ-Dabsyl	498.49
G	329.21	5ˊ-HEX	744.13	3ˊ-(6 FAM)	569.46
T	304.19	5ˊ-TET	675.24	3ˊ-AminoModifier	C3 153.07
I	314.2	5ˊ-Cy5	533.63	3ˊ-AminoModifier	C7 209.18
U	290.17	5ˊ-Cy3	507.59	3ˊ-ThiolModifier	C3 154.12
S	16.00	5ˊ-NH2	179.2	3ˊ-NH2	209.2
		5ˊ-ROX	659.8	3ˊ-ROX	659.8
		5ˊ-digoxin	722.9	3ˊ-digoxin	722.9
		5ˊ-PO4	80	3ˊ-PO4	569.5
		5ˊ-JOE	666.4	3ˊ-JOE	666.4

二、Oligo DNA的Tm值
引物设计软件都可以给出Tm，与引物长度，碱基组成，引物使用缓冲的离子强度也有关。
长度为25mer以下的引物，Tm计算公式为：
Tm = 4℃(G + C)+ 2℃(A + T)
对于更长的寡聚核苷酸，Tm计算公式为：
Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+] + 0.41 (%GC) – 600/size
公式中，Size = 引物长度。
最适退火温度（Ta Opt ）= 0.3×(Tm of primer)0.7×(Tm of product)–25
引物Tm值与PCR产物Tm值相差一般不超过30℃，一般采用较引物Tm值低5℃作为PCR退火温度。兼并碱基TM值可以折算。

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