HE染色：苏木精—伊红染色( hematoxylin-eosin staining )，简称HE染色法，苏木精染液为碱性，主要使细胞核内的染色质与胞质内的核糖体着紫蓝色；伊红为酸性染料，主要使细胞质和细胞外基质中的成分着红色。易于被碱性或酸性染料着色的性质分别称为嗜碱性和嗜酸性；若于两种染料的亲和力都不强，则称中性。一般的组织变化和组织产物都可以通过这一染色法显示出来，是形态学最常用的染色方法。HE染色法是组织学、胚胎学、病理学教学与科研中最基本、使用最广泛的技术方法。
病理特殊染色
Masson染色：主要用于胶原纤维和肌纤维的鉴别染色。 由mallory三色染色改造，利用两种或三种阴离子染料混合一起或先后作用完成染色，与阴离子染料分子大小和组织的渗透性有关。根据组织不同的渗透性能，选择分子大小不同的阴离子的染料进行染色，便可把不同组织成份显示出来。结果判读:胶原纤维蓝色（苯胺蓝复染）或绿色（亮绿复染）,肌纤维、纤维素红色。
天狼星红染色：苦味酸天狼星红染色(天狼星红染色)可以使胶原持久染色,在偏光显微镜下能增强胶原纤维的双折光性,作为病理切片特殊染色方法,狼红染色可以特异地显示胶原组织,在偏光镜下,Ⅰ型胶原(C-Ⅰ)呈黄或红色,Ⅲ型胶原(C-Ⅲ)呈绿色,Ⅱ型胶原(C-Ⅱ)呈蓝绿或灰蓝色.在临床病理诊断和研究应用中,狼红染色主要用于分析纤维化的程度和特点。
油红0 染色：用于脂肪颗粒的染色，油红O为脂溶性染料,在脂肪内能高度溶解,可特异性的使组织内甘油三酯等中性脂肪着色。结果判读：中性脂肪呈深橙红色，胞核蓝色。
PAS染色：又称过碘酸雪夫染色，糖原染色。一般用来显示糖元和其它多糖物质。过碘酸能使细胞内的多糖乙二醇基氧化成二醛，再与Schiff氏液的无色品红结合，红色，定位于胞浆上。
VonKossa染色：Von Kossa’s矿化结节染色法又称为硝酸银染色，原理是将矿化基质中的磷酸盐(钙)、碳酸盐(钙)转变为磷酸银、碳酸银，然后用日光、紫外线或强还原剂使其还原为黑色的金属银。
尼氏小体染色：尼氏体是分布于神经细胞胞质内的三角形或者椭圆形小块状物质，能被碱性染料如硫堇，亚甲蓝，甲苯胺蓝和焦油紫等染料染成深蓝紫色。
LFB神经髓鞘染色：神经髓鞘是包裹在神经轴突外面的管状鞘，成节段性，髓鞘染色一般常染正常的髓鞘，LFB染色可以把髓鞘染成鲜蓝色，核深蓝色，胶原纤维粉红色。
